VenusFactory: A Unified Platform for Protein Engineering Data Retrieval and Language Model Fine-Tuning
Paper • 2503.15438 • Published • 4
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1 | MAAEEGAVIACHTKQEFDTHMANGKDTGKLVIIDFTASWCGPCRVIAPVFAEYAKKFPGAIFLKVDVDELKDVAEAYNVEAMPTFLFIKDGEKVDSVVGGRKDDIHTKIVALMGSAST | train_10009_1 | LLLLTTLEEEELSHHHHHHHHHHHHHHTLLEEEEEELTTLHHHHHHHHHHHHHHHHLTTSEEEEEETTTLHHHHHHTTLLSSSEEEEEETTEEEEEEESSLHHHHHHHHHHHHHHHHL | CCCCCCCEEEECCHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHC | DPPPQLAEAEDQDPVVVVVVLVVCLVVQAKEKEWAAAPVDPQCVVLVVVLSNVSNVCSSHHHYYYHCVRVVVVCVVVVPDAPGKMFIDGNSDTDDIDHTSPSVVVVVVVCVVVVVVVD | [1708, 2529, 934, 1480, 1975, 2838, 2053, 2184, 2510, 3471, 1572, 840, 2859, 3545, 2874, 2056, 3909, 3674, 3101, 1067, 2205, 123, 2605, 20, 2981, 278, 1480, 3126, 1587, 2184, 2722, 4070, 2620, 2239, 3471, 1267, 483, 639, 3902, 1143, 1187, 4093, 3233, 588, 1187, 2748, 1495, 2007, 3207, 1567, 3194, 1450, 620, 250, 2301, ... | 0.874155 |
1 | SRILVSIGESFGTSEKFQKINQMVCNSDRVLKRSAEGSNPPKPLKK | train_1000_1 | LLLTTSSTTTSLSSHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHTTTLLLLLLLLL | CCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCCCCCCCCCCC | DPPLPPPVPPDDDDDVNVVVVVVVVVCVPVVVVPPPDDPDPDPPDD | [3714, 3930, 3372, 749, 3789, 3680, 3031, 1337, 1265, 2738, 1097, 1560, 3387, 82, 3930, 2531, 2716, 3501, 2082, 2660, 985, 3735, 2056, 2817, 3961, 2056, 1625, 1771, 598, 2439, 1265, 264, 1265, 3930, 3789, 3259, 2612, 1272, 76, 3638, 2854, 1416, 2872, 1350, 754, 1197] | 0.5325 |
1 | SLHNGGLMAGWHLDTKMAQDIVARTMRIIDTNINVMDARGRIIGSGDRERIGELHEGALLVLSQGRVVDIDDAVARHLHGVRQGINLPLRLEGEIVGVIGLTGEPENLRKYGELVCMTAEMMLEQSRLMHLLAQDSRLREELVMNLIQAEENTPALTEWAQRLGIDLNQPRVVAIVEVDSGQLGVDSAMAELQQLQNALTTPERNNLVAIVSLTEMVVLKPALNSFGRWDAEDHRKRVEQLITRMKEYGQLRFRVSLGNYFTGPGSIARSYRTAKTTMVVGKQRMPESRCYFYQDLMLPVLLDSLRGDWQANELARPLAR... | train_10010_1 | LLLGGGTTTTLLLLHHHHHHHHHHHHTTLSSLEEEELTTSBEEEESSGGGTTLBLHHHHHHHHHLSLEEELHHHHTTSTTLLSEEEEEEEETTEEEEEEEEESLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLSSLLHHHHHHHHHTTLLTTSLEEEEEEEEELTTLLHHHHHHHHHHHHHHHLLTTTTLEEEEEETTEEEEEEELBLTTSLBLHHHHHHHHHHHHHHHTTTLSLEEEEEELLLLLSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLTTLSEEEHHHHHHHHHHHHHHSSTHHHHHHHHHHH... | CCCHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEECCCCEEEEECCHHHCCCECHHHHHHHHHCCCEEECHHHHCCCCCCCCEEEEEEEECCEEEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCEEEEEEECECCCCCECHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHH... | DPPCVVLCVPDADALVLQQVLQVVLCVVPVWKKFKFFLQQATSYIPPVVRHRPHWVLFVVCSVVVAKDADDPVNQVVTPSDAGWIKGFQDAPSDGGIIMTTHDHHVVCVVVVVVSSVVSNVSSVVVSVVVVVVVLLVLLQVLLVCLLPFQFCDPVSCVSCVVSVHDPVQFWFKKKKFKDCDPPDLVVLVVLVVVLVVVQPDPVFSWRKHDPDSGMIMIITRQADPVRDGDLVVVVVVVVVSVVVSVVVDPIDMAMFIFDTDDDTSRHNNSVLRRVLQVVQCCVPPVPDRYGYCVVCVLVSVLVVCVPDPNLVVLQQLVVQ... | [3425, 76, 3583, 1335, 1047, 123, 1015, 3687, 3099, 2308, 3949, 1278, 1594, 1310, 908, 1476, 2134, 3291, 2005, 2617, 3412, 1642, 3837, 454, 3412, 4038, 3735, 454, 1417, 1542, 3508, 3663, 383, 2540, 2239, 3998, 3518, 1300, 3631, 1186, 3667, 3052, 2180, 1564, 2328, 3871, 2993, 2585, 2048, 75, 877, 1818, 1726, 878, 1159, ... | 0.79319 |
0 | PSPQSLDGKNLNFDQQLVIFESENCEFCAQFDRDILAHWQADIPMVATKNTNPPADWTLDKPLFAAPTIVLFREGKEVVRYTGYTGEKENFWQWL | train_10011_0 | LLLEEETTEEELSSEEEEEELLTTLHHHHHHHHHTGGGLLSSSLEEEESLLSLLTTLBLSSLLLSSSEEEEEETTEEEEEEELLLSLHHHHHHHL | CCCEEECCEEECCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHCHHHCCCCCCEEEECCCCCCCCCECCCCCCCCCEEEEEECCEEEEEEECCCCCHHHHHHHC | DPQDDDPNDGADQAKAKEWAAAPPDPLQVLCCVLPVVPDDDPHYYDYHPDQDDDPQADDPDGDDAPGKIFMHGNRYTDDIDGDRPNPVVVVVVVD | [2918, 2010, 3579, 830, 1486, 1104, 3369, 1786, 3977, 1516, 3106, 2918, 2094, 2331, 1734, 2462, 1119, 3195, 3912, 529, 47, 3508, 1394, 82, 2948, 2048, 923, 2837, 2585, 3806, 2011, 1366, 278, 3006, 3904, 3110, 987, 3259, 1508, 1195, 2219, 1082, 2066, 1161, 4072, 1399, 553, 767, 1766, 2088, 1870, 3425, 2556, 3517, 915, 5... | 0.790824 |
0 | MGSDKIHHHHHHMHIDIDWQNVDTVLLDMDGTLLDLAFDNYFWQKLVPETYGAQQGISPQDAQEYIRQQYHAVQHTLNWYCLDYWSERLGLDICAMTTAQGPRAVLRDDTVPFLNALKASGKRRILLTNAHPHNLAVKLEHTGLASHLDLLLSTHTFGYPKEDQRLWRAVTEETGISAEKTLFIDDSEPILDAAARFGIRYCLGVTNPDSGLAEKHYTRHPSLNDYRRLIPSLM | train_10012_0 | LLLLLLLLLLLLLLLLLLGGGLLEEEELLBTTTBLTHHHHHIIIIIHHHHHHHHHTSLHHHHHHHHHHHHHHHTTSHHHHLHHHHHHHHTSLHHHHHHHHGGGLLBLTTHHHHHHHHHHTTLEEEEEELSLHHHHHHHHHHHLGGGGLSEEEEHHHHTLLTTSHHHHHHHHHHHLLLGGGEEEEESLHHHHHHHHHHTLSEEEEELLGGGSSLLLLLSSSLEESLGGGTHHHHL | CCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHCCEEEECCECCCECCHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHCHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCECCCHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHHHCHHHHCCEEEEHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHEEEEECCHHHHHHHHHHCCCEEEEECCHHHCCCCCCCCCCCEECCHHHCHHHHC | DDPPPPPDPPPQPPPDDPLVLAQAEEEEDAQTFWDPPLVCCLLLPVLLPVLCVVVVHDSVVSSVVVVVVLVVQPQALCNQDQVNVCVVSVHPSLVVLLVSLLVTETDPQNQVLLVLCVVLNHAYEYEYSHDPSNVVSNCVNHVCVVSHDYYDHVVVVRGDLLDLSSVVVVCVVPVDDLSNYEYEDQDLSSLVSSVVNPNNAYEHEFDPPPVDDTDDDPPHRYDDHSVVCNVVSD | [3425, 490, 3425, 2545, 2545, 2852, 1385, 1785, 3798, 3966, 2852, 991, 468, 3013, 687, 2681, 3115, 1320, 2837, 2222, 959, 352, 319, 3280, 1482, 3471, 502, 3113, 3760, 3893, 2060, 3007, 2336, 3709, 3764, 2200, 4046, 1287, 3856, 1421, 1327, 4020, 2592, 3328, 4068, 3740, 1535, 2282, 195, 2883, 24, 3574, 588, 3740, 2151, 2... | 0.866515 |
0 | MKITLSKRIGLLAFLLPCALALSTTVHAETNKLVIESGDSAQSRQHAAMEKEQWNDTRNLRQKVNKRTEKEWDKADAAFDNRDKCEQSANINAYWEPNTLRCLDRRTGRVITPLEHHHHHH | train_10013_0 | LLLLLLLLLLLLLLSLLSSSLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTLSLTTEEEETTTTEEEETTTLLBLLLLLLLLLLL | CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEECCCCEEEECCCCCECCCCCCCCCCC | DPPDDDDDDDDDDDDDDPDDDDPPPPPPPPPPPVPPPDPDPVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVLVVQVVLQVPDPDPQWDQDPVVSFTARNVPRHGPPSPPDPPPPD | [1126, 2572, 1302, 1385, 1480, 1412, 3789, 246, 3789, 3932, 548, 200, 264, 2138, 3320, 379, 3332, 3148, 3056, 3031, 3965, 4005, 4017, 1140, 3798, 1320, 2545, 3425, 1843, 2873, 67, 2572, 2690, 1320, 303, 3583, 2048, 1973, 1012, 3515, 4090, 2279, 1894, 1476, 264, 588, 1450, 1476, 2082, 9, 3735, 987, 2056, 3501, 3954, 103... | 0.499573 |
1 | MDDIIQQLFKEVERPQLTVNEQALQQYLYREIVRLTLLVEPTISKPQIIGLLSALVKKARHYVNADNQAECIQQLLDLVYQEWRFHCDYQEYFYTDNLLLHRVIRSHRGMPLSIGAIVLYLAAKLQLPIYPVNFPTQLILRAEITESSGKKTVRFINPWDGQFLPLELLLKWLEGEVGYGVELSPELLRRADPAELLERVETVFKMVLTREGKYEQTLRLIEYRLAENPDDPYEIRDRGMVLASMDCYQAAYDDLSYFIDQCPDDPSAAILKSEVKGLEQKSKQNQVHLEHHHHHH | train_10014_1 | LHHHHHHHHHTTLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLTTSLHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLSSHHHHHHHHHIIIIIISLLEELSSSLSLGGGTSHHHHHHHLEELHHHHHHHHHHHHHHTTLLEEEELLSSSLEEEEEEELTTSLEEEEEELTTTLLEELHHHHHHHHHHHHLTTLLLLGGGGSLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTLHHHHHHHHHHHHHHLTTLHHHHHHHHHHHHHTTLHHHHHHHHHHHHHHLTTSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHL | CHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCEECCCCCCCHHHCCHHHHHHHCEECHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECCCCCCEEEEEEECCCCCEEEEEECCCCCCEECHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC | DVVVQVVLVVVPPDPPPPPVLLNQLQLLVVLLLVLCCLLPVPDDPCLLVVLLVVVLVVLVVQQDDPFLVVSLVSLLCCLCPVLNQAEDPPPRQAPLQRRQVSCSVVSYHHQSNLSSSSSSSCSSVVFQKAWFPAPPDIKIKGFGQDPVRDTDIWIARSRRGDTDDVVVSVVVVCVPPNPPDDDHSNRVDGDDSVSSSVVSLVSVLVSCVVVVVLVSNVSSLVVVCVVPVLDLVSLQSNLVSCVVVVVLVSSLVSLVSSCVVCVPDPVSVVVVVVSVVSVVSVVVVVVVVVVVVVVD | [1842, 1478, 123, 1803, 3909, 3665, 3954, 658, 220, 2439, 3837, 545, 3827, 1973, 2921, 587, 2421, 1654, 1140, 907, 240, 1975, 1432, 2147, 571, 3272, 233, 234, 2207, 3109, 1079, 1387, 3175, 2082, 3990, 2837, 50, 3097, 329, 1532, 3961, 2048, 2210, 2129, 970, 3378, 123, 1550, 1677, 1656, 3923, 3097, 936, 321, 722, 3649, 2... | 0.815201 |
1 | MDPAKNEYGMGSTLTTLAYEKFAKAAKYNTQQNDLAAPTAQLDIAVSLSGFKEGDSNYPINPILKLTNNSTQTIPGGTRIEFLVPTSTSDTITDQSGMGLKVVESGGNQNSDGIAGEKDFHKAAFTLPTWKAWAPGSDVEVAMTYYLPAAGVPSGIRIISGTQTAGLKAEFPTLPEAVLEHHHHHH | train_10015_1 | LLTTLLLLLLLLLLLTHHHHHHHHHHHHTTTSLLSSSLLLLLLEEEEEELLLTTLSSSLBLLEEEEEELSSSLBLTTLEEEEEEELSLLSLLEESSSSLLEEEELLLSBLTTLLBLSSLEEEEEEELLTTLLBLTTLEEEEEEEBLLTTLLLLEEEEEEETTEEEELLLLLLLLLHHHHHHHHHHL | CCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCECCEEEEEECCCCCECCCCEEEEEEECCCCCCCEECCCCCCEEEECCCCECCCCCECCCCEEEEEEECCCCCCECCCCEEEEEEEECCCCCCCCEEEEEEECCEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHC | DPPPCPVPPPPPPCPCCVVVVVVVLVVVVVDDDPLDPLPPQFAKEWEKDQDDQPCLFFFRFIKIKIAGQDQDKQAFFKKKKWKKFDQDPPDWDWPPPQPKDFPDWDDCQDVSGNNDPTTITMIMGGGHRVDIRHHGDMDMTTITDNPLGIDDIGFMWIGRPSDIRGYPYPYDGPDVSVVVVSVVVD | [200, 1339, 3501, 123, 1272, 246, 1686, 3690, 1413, 2889, 1843, 2609, 1903, 1782, 2138, 750, 1432, 3979, 31, 305, 3309, 240, 31, 1432, 2869, 1387, 1035, 2366, 1254, 3071, 205, 3680, 2907, 1012, 2138, 2157, 3111, 389, 2517, 2335, 601, 332, 1234, 355, 3424, 3834, 481, 954, 936, 1552, 2245, 3370, 1240, 546, 1486, 898, 407... | 0.540315 |
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0 | MGSDKIHHHHHHVVDSLQQWQEVEAVLADLSQASQEHHYRQTHRLVQDYLDRLQLSPREQQGLEPLLKSLERMQAKLEQQVLHIAVFGLVGRGKSSLLNALVGETVFETGAIHGVTTAIATAAWPLTTDEDGVQRLRWSGLGDVQVELIDTPGIDEIDGDQREALAKRVAQQADLILFVVSGDISQLEQDTLTVLHQAHKPLLLVLNKADQYSDRDREAIRNKLADERLRHLISIDEIVTVAAAPRQAEPEYDGDRLVGTKLVSLPPQVEPLRQRIITLLLHEGQSLLALNALLQMAMVDRQVVRRKLQSRDRQAEELIW... | train_10018_0 | LLLGGGTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLHHHHTTTHHHHHHHHHHHHHHHHTEEEEEEELLTTSLHHHHHHHHHTSLLSLLLSSTTSLLSLEEEELLLLLSTTSLLLLEETTTEELEEEEEELLLTTSSLHHHHHHHHHHHHHHLSEEEEEESSSLLHHHHHHHHHHHTTTLLEEEEELLGGGSLHHHHHHHHHHHTSTTTTTTLLGGGEEELBSSLEEEEEEEETTEEEEEEEEELLLBLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH... | CCCHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCCCCCCCCCCEECCCEECEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHEEECECCCEEEEEEEECCEEEEEEEEECCCECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH... | DPPPVPPVPPVVVVVVVVVVVVVVVVQVPADLVRLVVLLVVLLVVLVVCLVPPDDDPQLCVPLVVLNVVLVVLSVCSLQQEAEEEEAAAQPLCRQLQVCLQQVHRPDDDDNDAPRPPDKDKDKRQLFDDPVGGPFLARPPNGGHIYMYIYDHGLVNDDDVVSLVVLLVVLLVHQEYEYGDQFADDPSSLVSLVSSLVSVHHYAYEHEPCLVDDPVRVVVRLVVCCDPSCVVRDHSLSYHYWYSWHWDWDFDDPVVRGPDTDTDTDRTGCVRVSVVVSVCCNVCVSVSSSVSSVVSSVVSVVSSLVSLLVVLVVVLLVLLL... | [2298, 1680, 1686, 3452, 2162, 321, 1680, 1015, 4028, 255, 3754, 1292, 9, 3378, 1476, 636, 2814, 548, 2056, 868, 321, 1035, 3309, 2299, 3101, 2048, 2200, 2242, 824, 703, 907, 2052, 1509, 867, 1931, 1550, 3607, 3309, 3130, 2193, 3954, 466, 2480, 987, 2617, 881, 3132, 588, 3207, 3830, 2874, 2585, 1976, 246, 703, 4057, 27... | 0.838882 |
1 | MAHHHHHHMAKNDIWTPLESNPDSLYLYSCKLGQSKLKFVDIYGFNNDLLDMIPQPVQAVIFLYPVNDNIVSENNTNDKHNLKENFDNVWFIKQVKIITLCNMNNILPILYVCFNSIELKNNKSIENLHHEFCGQVENRDDILDVDTHFIVFVQIEGKIIELDGRKDHPTVHCFTNGDNFLYDTGKIIQDKFIEKCKDDLRFSALAVIPNDNFDII | train_10019_1 | LLLLLLLLLLTTLLLLLLLLLHHHHHHHHHHTTLTTEEEEELLLSSHHHHTTSLSLLLEEEEEEELLHHHHTGGGTSGGGSLLLLLTTLLLLLLSLLSSSLLSTTHHHHHHHHHSLLLLLLHHHHHHHHHHHSLLLSLGGGGGGLLEEEEEEEEETTEEEEELTTSSSLEEEEELLTTTHHHHHHHHHHHHTGGGLTTLLLLEEEEEEELGGGGLL | CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCHHHHCCCCCCCCEEEEEEECCHHHHCHHHCCHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHCCEEEEEEEEECCEEEEECCCCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHCHHHCCCCCCCEEEEEEECHHHHCC | DDPPPPPPPVPPPPQQDFDPDFVLVCVLCVLLVRNFKGKDWQPAQDPVSLVVDDDQFFKKKKKDFADPLQPVVVPPPCPPVPVPVPVQQDQAADPDPPQDLPCSAVVSVSCSSPVPRCPVDPVSSVVSSVVRSPCPVDPVVSNPPRMHMWMWGDDPQWTWIHGNNDPDIDTDDGHDSVCRSNVVSVCCVVNPCVRPVPDPPMIMMTMHTNPVPVPD | [754, 3798, 2545, 2545, 3370, 1385, 2545, 3798, 3393, 1480, 2747, 3010, 3372, 44, 398, 3050, 2453, 380, 3084, 1228, 747, 573, 1187, 3019, 1472, 2461, 938, 3112, 2546, 3969, 1445, 59, 3126, 701, 2682, 1068, 1717, 2588, 3686, 3144, 3280, 2378, 3148, 2507, 4060, 2852, 968, 2738, 1803, 898, 1656, 3850, 2645, 1275, 41, 2767... | 0.705152 |
0 | MQNETRTLQLDPHLHIEAYRFKGIMQKFPNHFHDYYVIGFIEKGQRYLACQDQEYIINPGDLLLFNPRDTHSCEQIDGRTLDYRCINVMPDIMEKAVKEITGSGHLPYFSQHVLFRHELTASLQELHILISEEKQALRKEELFLHLLEELIRHYSDVTFLSSVPEPSDEVKMVCE | train_1001_0 | LLLLEEEEEELTTTLLEEEEEEELLLEEEEELLSSEEEEEEEESLEEEEETTEEEEELTTLEEEELTTLLEEEEESSSLLEEEEEEEELHHHHHHHHHHHHSLLSLLBLSLSEELLHHHHHHHHHHHHHHHTTLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSBSSLLSSLLLLLTTLLLLLL | CCCCEEEEEECCCCCCEEEEEEECCCEEEEECCCCEEEEEEEECCEEEEECCEEEEECCCCEEEECCCCCEEEEECCCCCEEEEEEEECHHHHHHHHHHHHCCCCCCECCCCEECCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCECCCCCCCCCCCCCCCCCCC | DFDWDWDWFADPVLRKIKIKIKFQDAKDPKAFAQWKKKKFWQDAWKWKDWDPDIDIGDGQKIFIDHGPTIMMIGHDPRDMTIMMIMTDHQCSQQVLCCVQPVHRDRFDFPDGIDRDNVLNVLRVVLSVCRVVVDDVPSNVVSVSVSSNVCRVPGTPVPDDPDDPDDDPPHPDDPD | [3425, 2756, 1084, 3491, 1872, 2433, 1237, 1973, 44, 2873, 672, 987, 3774, 2539, 2186, 3709, 2860, 3912, 1501, 502, 2712, 610, 2992, 3104, 67, 2862, 3080, 2669, 2010, 621, 1903, 3484, 1221, 1718, 3703, 2831, 3550, 3818, 3588, 480, 2165, 3296, 1490, 415, 1944, 1206, 2009, 348, 121, 3439, 914, 4068, 1161, 616, 913, 919, ... | 0.769318 |
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0 | MKLHLEIWRQAGPNSEGHFEPIDVNDAVPQMSVLELLDHVNTGLIEEGKEPFVFASDCREGICGTCGLLVNGRPHGLDKNKPSCQQRLDHVPDGSTLKIEPLRSAAYPVVKDLLVDRSALDRVLEKGGFVSINAGTAPDADTLHQNHESAELALDH | train_10038_0 | LLEEEEEEEESSTTSLEEEEEEEESLLLTTLBHHHHHHHHHHHHHHTTLLLLLLLLSSSSSSSLTTLEEETTEETLSSTTLLGGGLBGGGSLTTLEEEEEELLLSSSSLSSLSLSLTHHHHHHHHHHTLLLTTLSSLLLHHHHHHHHHHHHHHHHL | CCEEEEEEEECCCCCCEEEEEEEECCCCCCCEHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEECCEECCCCCCCCHHHCEHHHCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHC | DKEWEFEWDAQALPGDIGTDIDIDDDDDQQAFQVSVLVVVQVVCVVVVHDGFDWDDDPLPQPPLRQWWDKPNDTQYDDPSGHRSPHGNNPPDHPYYIYIGADDDPVGRRPIGSDNHCPVVVVLCQLLQNDDPPPPDNPDPVSNVVNPVVVVVVVVD | [3424, 3537, 2644, 1663, 2599, 2517, 610, 2463, 1229, 487, 1421, 3197, 2982, 2515, 3370, 2204, 1257, 1413, 1643, 1320, 3052, 2744, 3376, 3318, 3539, 3013, 1095, 1169, 3212, 2653, 1413, 1727, 2332, 2876, 3501, 500, 2319, 305, 275, 199, 2325, 3109, 2801, 3877, 1800, 987, 247, 3660, 200, 1876, 1962, 2565, 2732, 1740, 2413... | 0.664057 |
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1 | MSLLVIPAIDLQSGRCVRLKQGRFDQVTQFSVFPIERALHFAKLGAKRLHVVDLDGARSGKMQQLELICSMQKTGIPIQAGGGIRSIEQALECSNAGISQLVIGSLAITNPDLTIQIIEKIKPENIVLALDVRVDTKVPLLAINGWQNNSTSSLWEVVSYYENYGIKNILCTDIACDGMMNGPNFDLYQQAVEYFPQIAWQASGGVRHMQDITTLNSLGISAVILGLMLYQDHMNLEELLEGHHHHHH | train_10047_1 | LLLEEEEEEEEETTEEEEEETTEEEEEEELSSLHHHHHHHHHHTTLSLEEEEEHHHHHHTSLSLHHHHHHHGGGLSLEEEESLLLSHHHHHHHHHTTLSEEEELTHHHHLHHHHHHHHHHHLGGGEEEEEEEELSSSSLEEEETTTTEEEEEEHHHHHHHHHTTTLLEEEEEETTTTTTLSLLLHHHHHHHHHHLTTSEEEEESLLLSHHHHHHHHHTTLLEEEELHHHHTTSSLHHHHHHTTTGGGL | CCCEEEEEEEEECCEEEEEECCEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCCCEEEECCCCCHHHHHHHHHCCCCEEEECCHHHHCHHHHHHHHHHHCHHHEEEEEEEECCCCCCEEEECCCCEEEEEEHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHCCCCEEEECHHHHCCCCCHHHHHHCCCHHHC | DAAAEAEEFEDDPQFGWDDQLLDPVRIDTDPDGPLRVLLVLLVLPHQEYEYEHAVLQVVLHRDCLVVVLSSCVSVHAYEYEGNPDALVRLVVSVVSPHQAYEAEQCCVPPVPRVLVNCVVNPQARYEYEFEWEPPDPFTFTADPSNPDTDPDTPLVSVVVCVVSVHQHYEYEHSVFAPVLQAFPLVVLLVVCVSCVSHQYEYEGNNNDLVSSVSSVVSVHRYYYDYPCVSVVSDDVSCSVCVVPPVPD | [3715, 2770, 2941, 3410, 2239, 2886, 3709, 1518, 2762, 3187, 104, 3645, 3223, 1351, 1041, 1361, 557, 2227, 4005, 2770, 128, 2448, 3952, 2182, 1035, 3583, 3975, 1126, 1378, 3106, 3902, 1339, 3627, 1760, 1042, 3961, 3196, 1634, 59, 2056, 2400, 2684, 2605, 3569, 1351, 99, 2082, 651, 291, 529, 946, 972, 1558, 1949, 2582, 4... | 0.882392 |
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1 | QVTLKESGPGILQPSQTLSLTCSFSGFSLSTYGMGVGWIRQPSGKGLEWLAHIWWDDVKRYNPALKSRLTISKDTSGSQVFLKIASVDTSDTATYYCARMGSDYDVWFDYWGQGTLVTVSAASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCHHHHHH | train_10051_1 | LLEEEEELLSEELTTSLEEEEEEEESSLTTSTTLEEEEEEELTTSLLEEEEEEETTLLEEELTTTGGGEEEEEETTTTEEEEEESSLLGGGLEEEEEEEELSLTTLSLLEELLLEEEEELLLLLBLLEEEEELLLGGGLBTTEEEEEEEEEEEBSSLLEEEEGGGTBLTTEEELLLEELTTSLEEEEEEEEEEGGGBTTBLEEEEEEEGGGTEEEEEEELLLLLLLLLLL | CCEEEEECCCEECCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCEEEEEEECCCCCCEEEEEEECCCCEEECCCCHHHEEEEEECCCCEEEEEECCCCHHHCEEEEEEEECCCCCCCCCEECCCEEEEECCCCCECCEEEEECCCHHHCECCEEEEEEEEEEEECCCCEEEEHHHCECCCEEECCCEECCCCCEEEEEEEEEEHHHECCECEEEEEEEHHHCEEEEEEECCCCCCCCCCC | DKAKDKDWDAEDEFQAKTKMKIAIDPDAQLDPFKKKFKWWDDPPGDIDTAKMAGNVGDIDGDPVQVVFWDWDDDRVRRMIMIMGGRDAQRPFTWMKMFMQGNPVPDGGDDIHPTDTYGYDNDDFDAWDKDKAAWDPVQCPPQKTKIKMKTDFGDDDDKDKDKPVPPDDPQKDKDDWDQDPVRGIMTMMMHMDGPVCQPVDWIWMWIADPSNRDIDIDTHHHPPPPPPPPD | [1412, 3667, 3691, 1425, 3503, 3474, 1310, 2624, 1164, 2205, 1604, 1370, 3977, 1965, 38, 3332, 505, 3118, 3195, 2464, 984, 794, 3745, 3239, 58, 3916, 3682, 269, 6, 2498, 741, 2523, 87, 984, 952, 614, 2084, 834, 1206, 3881, 2545, 3857, 762, 3726, 318, 1729, 2616, 1510, 1434, 1576, 3080, 1226, 2571, 1447, 2903, 420, 3726... | 0.834527 |
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0 | ISEFSDWQETLLEHLTQWVEAEIERDIAVDSHEESQRLLEATFNSPETFIGILDADGTLIRANETALGFIDADAADVCGEPFCETPWWNHDEAVANRCREAVERTRAGETVRFEAEHVGADGQRISTSVVARPVTAD | train_10054_0 | LHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTLTTLLLEEELTTSBEEEELHHHHHHTTLLHHHHTTSBGGGSTTTTTLHHHHHHHHHHHHHHHTTLLEEEEEEEELTTSLEEEEEEEELLLLLL | CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEECCCCEEEEECHHHHHHCCCCHHHHCCCEHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEECCCCCEEEEEEEECCCCCC | DVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVLCVQQDQPDWDFDADLQQATQDIHPNNCVQAVHDCVVRGRDRNLCDLFHPPDPVSSVVSVVQSVVQSVQDWDWDWDWGQGNVRDIDIDIDIDHDDDPD | [2048, 2585, 1800, 1800, 1450, 3101, 137, 1450, 588, 2082, 123, 2056, 3954, 2082, 2056, 2056, 3954, 2747, 2082, 3954, 2056, 2082, 2082, 588, 2056, 588, 2585, 2056, 987, 987, 3954, 123, 3961, 1197, 588, 264, 264, 2082, 1197, 2660, 588, 1197, 745, 2798, 3308, 2483, 808, 1779, 2031, 1167, 1451, 3424, 3705, 2010, 3545, 363... | 0.809386 |
1 | TVIDVKCTSPKQCLPPCKAQFGIRAGAKCMNGKCKCYPH | train_10055_1 | LEEEEELSSGGGTHHHHHHHHLTTLEEEEETTEEEEELL | CEEEEECCCHHHCHHHHHHHHCCCCEEEEECCEEEEECC | DWDPDFDDFFVSQQVVLCVVQNNPKHWTHDPGTIDIRHD | [490, 1879, 4036, 3937, 1170, 15, 3926, 123, 448, 2260, 3109, 3101, 2686, 1770, 808, 3210, 339, 1264, 2082, 1394, 1160, 1862, 492, 2827, 697, 2866, 864, 1785, 3220, 2875, 1786, 3126, 3962, 560, 787, 2326, 1211, 1893, 1412] | 0.877197 |
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1 | MKDFKLAKSKSHAIEETKPFSILLMGVDTGSEHRKSKWSGNSDSMILVTINPKTNKTTMTSLERDVLIKLSGPKNNGQTGVEAKLNAAYASGGAEMALMTVQDLLDINVDYFMQINMQGLVDLVNAVGGITVTNKFDFPISIAANEPEYKAVVEPGTHKINGEQALVYSRMRYDDPEGDYGRQKRQREVIQKVLKKILALNSISSYKKILSAVSNNMQTNIEISSKTIPNLLAYKDSLEHIKSYQLKGEDATLSDGGSYQILTKKHLLAVQNRIKKELDKKRSKTLKTSAILYEDYYGLEHHHHHH | train_10057_1 | LLLLLLLSSLLBLLLTTLLEEEEEEEESLLSTTLLLSSLSLEEEEEEEEEETTTTEEEEEEELTTBEEELLLLTTLTTTTLEEETTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSLLLEEEEELHHHHHHHHHHTTLEEEEELSSSLBLLLTTLTTLLLLBLSEEEEELHHHHHHHHHLLTTLTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTLLLHHHHHHHHHHHTTSEEESBLLSTTTHHHHHTTHHHHHSEEEEEELLEEEELTTSLEEEEBLHHHHHHHHHHHHHHTTLLLLSSLLLSBLBHHHHHHHHHHHHLL | CCCCCCCCCCCECCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEECCCCEEEEEEECCCEEEECCCCCCCCCCCCEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECHHHHHHHHHHCCCEEEEECCCCCECCCCCCCCCCCCECCEEEEECHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCEEECECCCCCCHHHHHCCHHHHHCEEEEEECCEEEECCCCCEEEEECHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCECEHHHHHHHHHHHHCC | DPFLPQPVPQADQDDFQAKAKEWEFEFADDPPVHPDLQQGWRCWIWMWIFGLVVLAIEIETEHQQFWFQFDDDPPQPSHRPTGGLRVQCNRPNPRRNQRQVCQALVHHHDKYKYFYLQLQQLLCVLLVFFKDADCDQAWQADDVVVVPQPDIDHHGIDGDGSSHLSSQLPDAPPDPVGVVVSNVSVVVSVLRSLVSVLPDDDPVSVVSSCVSNSVGMHMSHDDDPVRVVSVNSSSSSSNHYHYHYDFFDWDQDPVRDIHGAAAPVSSLVSSQVVCVSSVHDRDPDDGHRGDHPCNPVVVVVVVVVD | [2476, 2609, 1044, 2022, 2529, 702, 1594, 1210, 2088, 2752, 1986, 2143, 4022, 2105, 1320, 3065, 3217, 1341, 12, 1319, 1363, 1691, 1650, 2149, 348, 295, 1425, 2296, 3046, 2181, 2324, 2456, 904, 4054, 2048, 420, 3207, 2052, 3900, 344, 1918, 173, 2701, 2770, 189, 3943, 4021, 684, 2172, 3521, 1209, 1781, 2193, 2271, 2711, ... | 0.784087 |
1 | PAQDNSRFVIRDRNWHPKALTPDYKTSIARSPRQALVSIPQSISETTGPNFSHLGFGAHDHDLLLNFNNGGLPIGERIIVAGRVVDQYGKPVPNTLVEMWQANAGGRHRHKNDRYLAPLDPNFGGVGRCLTDSDGYYSFRTIKPGPYPWRNGPNDWRPAHIHFGISGPSIATKLITQLYFEGDPLIPMCPIVKSIANPEAVQQLIAKLDMNNANPMDCLAYRFDIVLRGQRKTHFENC | train_10058_1 | LLLLGGGSLLLLTTLSLSSLLLLLLSLLLLLSLLLLLSLLLLGGGTSSLLLTTSLLLTTTTBTTSLBTTTBLLSSLEEEEEEEEELTTSLBLLSLEEEEELLLTTSLLSLTTLLLLSLLLTTLLLEEEEELLTTLEEEEEEELLLLEELTTLTTLEELSEEEEEEEETTEEEEEEEEEEETTLTTGGGLHHHHTLLLHHHHHHTEEEELGGGLSSTTSEEEELLEELSSTTLLLLTTL | CCCCHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHCCCCCCCCCCCCCCCCECCCCECCCECCCCCEEEEEEEEECCCCCECCCCEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCCEEEEEEECCCCEECCCCCCCEECCEEEEEEEECCEEEEEEEEEEECCCCCHHHCHHHHCCCCHHHHHHCEEEECHHHCCCCCCEEEECCEECCCCCCCCCCCC | DPPPPVVVCPVPPPPPPPPDPPPPPDDPDDDDDDPDPDPPPPCVVPPDDDCVVPDDDPCLQEQQAFQPPGDGADAAKEKEKEFEAEQVRAGDWFKKKKKFAAGQQGFAPDPPTPFPGDDGRRGNRIGIDTAHNRRMDMHIDHFHQKDADPPDPPQIDHGKMKIWIDDPPDPDIFIDMAAEPPTPCLVRHPVLVVDPDPLLSVLRYWYFDQVPVVVNPHTYTYHYAYPDDPNGRDTPVD | [3425, 1412, 2151, 2873, 1352, 1626, 2414, 3818, 2552, 455, 364, 3655, 2883, 116, 2175, 2667, 1364, 2279, 3789, 769, 1440, 769, 76, 1988, 2144, 3875, 1349, 2085, 4017, 3483, 1416, 1560, 1235, 3420, 1523, 874, 445, 2875, 591, 2640, 4057, 1234, 1277, 3233, 3306, 1026, 476, 2631, 3663, 1367, 2898, 542, 445, 3798, 3111, 39... | 0.688787 |
1 | MAHHHHHHMASLTVPAHVPSAAEDCEQLRSAFKGWGTNEKLIISILAHRTAAQRKLIRQTYAETFGEDLLKELDRELTHDFEKLVLVWTLDPSERDAHLAKEATKRWTKSNFVLVELACTRSPKELVLAREAYHARYKKSLEEDVAYHTTGDHRKLLVPLVSSYRYGGEEVDLRLAKAESKILHEKISDKAYSDDEVIRILATRSKAQLNATLNHYKDEHGEDILKQLEDGDEFVALLRATIKGLVYPEHYFVEVLRDAINRRGTEEDHLTRVIATRAEVDLKIIADEYQKRDSIPLGRAIAKDTRGDYESMLLALLGQE... | train_10059_1 | LLLLLGGGSLLLLLLSSLLLHHHHHHHHHHHTSSSSLLHHHHHHHHTTLLHHHHHHHHHHHHHHHSSLHHHHHHHHLLHHHHHHHHHHHSLHHHHHHHHHHHHHHSSSTTHHHHHHHHHHSLHHHHHHHHHHHHHHHSSLHHHHHHHHLLHHHHHHHHHHHHLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHTTLTTLHHHHHHHHHSLHHHHHHHHHHHHHHHSSLHHHHTSSLLHHHHHHHHHHHHHHLHHHHHHHHHHHHHHSSSLLHHHHHHHHHHHTTTTHHHHHHHHHHHHSSLHHHHHHHHLLHHHHHHHHHHTTLL... | CCCCCHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCC... | DDPPPLQPFFLAAADPDQDALLVLLVQCVVQLDDDAGPLVSVLVRLSRDDLVSLVSNQVVNCVPPVDGPLVSLCVRDDDLLSVLSNLLSDRLLLSLLVLLVVLLVDQAPSLLSLLLLLAQDALVSLVSNQVSNCVVPVDGSLVSLCVRDDDLSNLQRSLSSPEREDQDQDEDLVVLLVLLVVLVVCLVVVVCSDNSNSCCLRHYALNHLVSNQVNNCVVVVDGPLVSLVDDDRVSVSVSSSNCSNHPVLVSLLVLLCCQQVPPAHPSVSLSVSLSNPNSGRLQVSQVVNCVVVVDGSLVSLPVHDDDSSNQSSCNSSNNH... | [2017, 1364, 2017, 1320, 2010, 3608, 1545, 156, 1599, 3484, 160, 2423, 407, 2324, 1161, 3236, 1523, 1170, 2552, 897, 1393, 1535, 588, 1967, 466, 2241, 992, 3458, 722, 3850, 465, 3928, 936, 4061, 2429, 2454, 4022, 1385, 2163, 3019, 2521, 498, 507, 2769, 3871, 667, 1039, 3839, 2732, 1580, 3366, 3842, 1297, 193, 1271, 348... | 0.849285 |
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Simple, Efficient and Scalable Structure-aware Adapter Boosts Protein Language Models
https://github.com/tyang816/SES-Adapter
VenusFactory: A Unified Platform for Protein Engineering Data Retrieval and Language Model Fine-Tuning
https://github.com/ai4protein/VenusFactory
Please cite our work if you use our dataset.
@article{tan2024ses-adapter,
title={Simple, Efficient, and Scalable Structure-Aware Adapter Boosts Protein Language Models},
author={Tan, Yang and Li, Mingchen and Zhou, Bingxin and Zhong, Bozitao and Zheng, Lirong and Tan, Pan and Zhou, Ziyi and Yu, Huiqun and Fan, Guisheng and Hong, Liang},
journal={Journal of Chemical Information and Modeling},
year={2024},
publisher={ACS Publications}
}
@article{tan2025venusfactory,
title={VenusFactory: A Unified Platform for Protein Engineering Data Retrieval and Language Model Fine-Tuning},
author={Tan, Yang and Liu, Chen and Gao, Jingyuan and Wu, Banghao and Li, Mingchen and Wang, Ruilin and Zhang, Lingrong and Yu, Huiqun and Fan, Guisheng and Hong, Liang and Zhou, Bingxin},
journal={arXiv preprint arXiv:2503.15438},
year={2025}
}