OTAR3088/CeLLaTe-V2-all · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 2 311	tags listlengths 2 311
[ "Introduction", "The", "persistence", "of", "replication-competent", ",", "but", "transcriptionally", "inhibited", "HIV-1", "proviral", "DNA", "in", "long-lived", ",", "latent", "cellular", "reservoirs", "is", "a", "significant", "barrier", "to", "the", "development",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Multifaceted", "and", "heterogenous", "blocks", "to", "viral", "gene", "expression", "establish", "and", "maintain", "HIV-1", "latency", "at", "the", "epigenetic", ",", "transcriptional", ",", "and", "post-transcriptional", "levels", "[", "2", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Several", "strategies", "to", "either", "reactivate", "latent", "proviruses", "and", "clear", "infected", "cells", "(", "i.e.", ",", "“", "shock", "and", "kill", "”", ")", "or", "reinforce", "latency", "to", "prevent", "spontaneous", "reactivation", "(", "i.e...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "While", "many", "small", "molecule", "latency", "reversing", "agents", "(", "LRAs", ")", "have", "been", "described", "that", "reactivate", "latent", "proviruses", "ex", "vivo", ",", "they", "have", "had", "little", "success", "in", "clinical", "trials", "[",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "failure", "is", "partly", "due", "to", "the", "latent", "reservoir", "’s", "heterogenous", "nature", ",", "such", "that", "treatment", "by", "a", "single", "agent", "that", "acts", "to", "target", "a", "specific", "block", "may", "only", "ever", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Even", "if", "transcriptional", "reactivation", "is", "achieved", ",", "it", "is", "unlikely", "this", "is", "sufficient", "to", "result", "in", "the", "clearance", "of", "these", "infected", "cells", "without", "additional", "immune", "augmentation", "such", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "...
[ "Given", "these", "limitations", ",", "much", "research", "is", "now", "focused", "on", "combinatorial", "approaches", "to", "trigger", "more", "widespread", "and", "robust", "reactivation", "[", "11", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "example", ",", "a", "recent", "study", "reported", "synergistic", "reactivation", "potential", "between", "an", "activator", "of", "non-canonical", "NF-kB", "signaling", "(", "AZD5582", ")", "and", "BET", "bromodomain", "inhibitors", "that", "act", "to", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Blocks", "to", "transcriptional", "elongation", "are", "major", "contributors", "to", "establishing", "and", "maintaining", "HIV-1", "latency", "[", "13,14", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "After", "integration", "of", "the", "proviral", "DNA", ",", "RNA", "Polymerase", "II", "(", "RNA", "Pol", "II", ")", "is", "recruited", "to", "the", "transcription", "start", "site", "by", "transcription", "factors", "that", "bind", "cis-elements", "in", "t...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "After", "transcriptional", "initiation", ",", "RNA", "Pol", "II", "synthesizes", "20–60", "nucleotides", "before", "stalling", "through", "a", "well-conserved", "process", "known", "as", "promoter-proximal", "pausing", "[", "15", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Pausing", "is", "enforced", "by", "several", "negative", "elongation", "factors", ",", "including", "negative", "elongation", "factor", "(", "NELF", ")", ",", "DRB", "Sensitivity", "Inducing", "Factor", "(", "DSIF", ")", ",", "and", "the", "RNA", "Polymerase"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Pause", "release", "is", "regulated", "by", "positive", "transcription", "elongation", "factor-b", "(", "P-TEFb", ")", ",", "a", "heterodimeric", "protein", "complex", "composed", "of", "cyclin-dependent", "kinase", "9", "(", "CDK9", ")", "and", "cyclin", "T1",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "P-TEFb", "phosphorylates", "the", "C-terminal", "tail", "of", "RNA", "Pol", "II", "and", "several", "negative", "elongation", "factors", ",", "which", "collectively", "license", "transcriptional", "elongation", "[", "22–24", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Recruitment", "of", "P-TEFb", "to", "sites", "of", "nascent", "transcription", "is", "a", "highly", "regulated", "process", "mediated", "by", "several", "cellular", "complexes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "majority", "of", "cellular", "P-TEFb", "is", "sequestered", "in", "an", "inactive", "state", "by", "the", "7SK", "ribonucleoprotein", "(", "RNP", ")", "complex", "[", "25,26", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Diverse", "extracellular", "stimuli", "and", "intracellular", "signals", "can", "induce", "the", "release", "of", "P-TEFb", "from", "the", "7SK", "complex", "[", "27–29", "]", "where", "it", "can", "be", "recruited", "to", "sites", "of", "nascent", "transcrip...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "To", "circumvent", "this", "regulatory", "step", ",", "HIV-1", "encodes", "a", "trans-activator", "protein", "(", "Tat", ")", "that", "binds", "to", "and", "recruits", "P-TEFb", "specifically", "to", "sites", "of", "nascent", "proviral", "transcription", "throu...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "The", "distribution", "of", "and", "competition", "for", "P-TEFb", "binding", "among", "different", "complexes", "is", "an", "area", "of", "active", "investigation", ",", "with", "several", "strategies", "to", "enhance", "the", "biogenesis", "or", "availability",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "example", ",", "BET", "bromodomain", "inhibitors", "(", "such", "as", "JQ1", ")", "have", "been", "shown", "to", "be", "potent", "LRAs", "in", "ex", "vivo", "models", "by", "releasing", "P-TEFb", "from", "BRD4", "[", "12", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Likewise", ",", "the", "release", "of", "P-TEFb", "from", "the", "7SK", "RNP", "complex", "has", "been", "shown", "to", "reactivate", "latent", "proviruses", "in", "ex", "vivo", "models", "[", "39", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "That", "being", "said", ",", "the", "release", "of", "P-TEFb", "from", "the", "7SK", "RNP", "complex", "has", "been", "shown", "to", "directly", "correlate", "with", "increased", "BRD4", "binding", ",", "suggesting", "that", "release", "from", "any", "one",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Furthermore", ",", "post-translational", "modification", "of", "P-TEFb", "(", "i.e.", ",", "through", "phosphorylation", "of", "CDK9", "at", "Serine", "175", ")", "has", "been", "shown", "to", "influence", "P-TEFb", "distribution", "in", "certain", "regulatory", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "While", "the", "release", "of", "P-TEFb", "from", "the", "7SK", "RNP", "complex", "and", "BET", "proteins", "such", "as", "BRD4", "have", "been", "explored", "as", "strategies", "for", "HIV-1", "latency", "reversal", ",", "the", "release", "of", "P-TEFb", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Previous", "work", "has", "demonstrated", "that", "HIV-1", "Tat", "biochemically", "co-purifies", "with", "several", "SEC", "proteins", "[", "41,42", "]", ",", "though", "the", "reason", "for", "this", "is", "unclear", "as", "they", "seemingly", "have", "func...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "this", "study", ",", "we", "test", "the", "hypothesis", "that", "the", "SEC", "is", "not", "necessary", "for", "HIV-1", "viral", "transcription", "and", "that", "the", "release", "of", "P-TEFb", "from", "cellular", "SEC", "complexes", "can", "serve", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Results", "Discussion", "In", "this", "study", ",", "we", "demonstrate", "a", "potential", "new", "strategy", "for", "enhancing", "HIV-1", "latency", "reversal", "through", "the", "release", "of", "P-TEFb", "from", "the", "cellular", "pool", "of", "SECs", "."...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "show", "that", "KL-2", ",", "a", "small", "molecule", "inhibitor", "of", "the", "interaction", "between", "the", "SEC", "and", "P-TEFb", ",", "is", "sufficient", "to", "enhance", "viral", "transcription", "in", "primary", "CD4", "+", "T", "cells", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Finally", ",", "we", "demonstrate", "that", "KL-2", "can", "increase", "HIV-1", "gag", "expression", "in", "PBMCs", "from", "PLWH", "on", "suppressive", "ART", ",", "most", "notably", "in", "combination", "with", "the", "non-canonical", "NF-kB", "agonist", ",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "propose", "a", "model", "in", "which", "KL-2", "release", "of", "P-TEFb", "from", "the", "cellular", "pool", "of", "SECs", "enhances", "transcriptional", "elongation", "of", "integrated", "proviruses", ",", "akin", "to", "BET", "bromodomain", "inhibitors"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "results", "have", "several", "implications", "for", "our", "understanding", "of", "viral", "transcription", "and", "future", "directions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Latency", "reversal", "through", "the", "release", "of", "P-TEFb", "from", "cellular", "SECs", "had", "not", "been", "previously", "explored", ",", "likely", "due", "to", "the", "perceived", "dependency", "of", "viral", "transcription", "on", "the", "SEC", "....	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "effect", "has", "been", "supported", "by", "biochemical", "purifications", "of", "HIV-1", "Tat", "from", "human", "cell", "lines", "that", "revealed", "interactions", "with", "a", "larger", "SEC", "[", "41,42", "]", ",", "as", "well", "as", "by", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "However", ",", "given", "that", "both", "the", "SEC", "and", "Tat", "recruit", "P-TEFb", "to", "sites", "of", "nascent", "transcription", ",", "they", "share", "some", "functional", "redundancy", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "found", "that", "knock-out", "of", "SEC", "components", "from", "activated", ",", "primary", "CD4", "+", "T", "cells", "from", "12", "independent", "donors", "did", "not", "inhibit", "viral", "replication", ",", "suggesting", "that", "the", "SEC", "is...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "result", "was", "independently", "verified", "using", "KL-2", ",", "which", "inhibits", "the", "interaction", "between", "CCNT1", "(", "P-TEFb", ")", "and", "AFF1/4", "(", "of", "the", "larger", "SEC", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Notably", ",", "disruption", "of", "the", "SEC", "using", "KL-2", "resulted", "in", "significant", "increases", "in", "HIV-1", "replication", "in", "primary", "CD4", "+", "T", "cells", "whereas", "genetic", "knockout", "of", "most", "SEC", "members", "had", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "One", "potential", "explanation", "for", "this", "difference", "is", "that", "genetic", "knockout", "results", "in", "the", "ablation", "of", "SEC", "assembly", "and", "relocalization", "of", "P-TEFb", "into", "other", "complexes", "at", "steady-state", "whereas"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Understanding", "the", "dynamics", "of", "P-TEFb", "distribution", "and", "relocalization", "upon", "different", "types", "of", "perturbation", "is", "an", "ongoing", "area", "of", "investigation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "While", "we", "expected", "KL-2", "to", "enhance", "the", "transcriptional", "elongation", "of", "integrated", "proviruses", "due", "to", "the", "release", "of", "P-TEFb", "from", "cellular", "SECs", ",", "we", "also", "saw", "increases", "in", "transcriptional...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Likewise", ",", "in", "J-Lat", "5A8", "cells", ",", "we", "saw", "increases", "in", "transcriptional", "elongation", ",", "transcriptional", "initiation", ",", "and", "in", "RNA", "Pol", "II", "recruitment", "to", "the", "proviral", "promoter", "when", "KL-2"...	[ "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...
[ "This", "finding", "suggests", "that", "either", "KL-2", "has", "secondary", "effects", "not", "mediated", "by", "P-TEFb", "or", "that", "the", "redistribution", "of", "P-TEFb", "away", "from", "SECs", "has", "secondary", "effects", "that", "could", "impact", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "BET", "bromodomain", "inhibitors", "have", "also", "been", "reported", "to", "increase", "HIV-1", "transcriptional", "initiation", "[", "12,13", "]", ",", "though", "these", "effects", "have", "been", "suggested", "to", "occur", "through", "modulation", "of", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Other", "reports", "have", "indicated", "that", "P-TEFb", "mediated", "release", "of", "paused", "RNA", "Pol", "II", "can", "result", "in", "enhanced", "transcriptional", "initiation", "and", "even", "RNA", "Pol", "II", "recruitment", "simply", "by", "increasin...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Still", ",", "this", "connection", "between", "transcriptional", "elongation", "and", "initiation", "has", "yet", "to", "be", "fully", "understood", "in", "the", "context", "of", "HIV-1", "transcription", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "While", "KL-2", "was", "sufficient", "to", "boost", "viral", "replication", "in", "activated", ",", "primary", "CD4", "+", "T", "cells", ",", "in", "and", "of", "itself", "it", "displayed", "minimal", "reactivation", "potential", "in", "both", "cell", "line...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "finding", "is", "similar", "to", "our", "recent", "report", "of", "a", "novel", "inhibitor", "of", "the", "PAF1", "complex", "(", "iPAF1C", ")", "that", "had", "minimal", "activity", "on", "its", "own", ",", "but", "greatly", "enhanced", "the", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Both", "cases", "highlight", "the", "multifaceted", "nature", "of", "the", "blocks", "to", "viral", "gene", "expression", "that", "underlie", "the", "latent", "state", "as", "well", "as", "the", "limitations", "to", "single", "agent", "drug", "screening", "to...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Combinatorial", "approaches", "to", "dissect", "the", "genetic", "underpinnings", "of", "HIV-1", "latency", "and", "discover", "new", ",", "synergistic", "drug", "interactions", "should", "be", "prioritized", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "While", "KL-2", "alone", "failed", "to", "significantly", "increase", "HIV-1", "gag", "transcript", "levels", "in", "patient", "PBMCs", ",", "in", "combination", "with", "AZD5582", "it", "resulted", "in", "a", "16-fold", "increase", "over", "AZD5582", "treatmen...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Crosswise", "dose", "titrations", "in", "J-Lat", "5A8", "cells", "showed", "a", "strong", "synergistic", "potential", "between", "AZD5582", "and", "KL-2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "is", "consistent", "with", "reports", "of", "robust", "synergy", "between", "AZD5582", "and", "P-TEFb", "release", "through", "BET", "bromodomain", "inhibition", "[", "12", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Notably", ",", "the", "BET", "bromodomain", "inhibitor", "JQ1", "showed", "minimal", "reactivation", "activity", "in", "our", "patient", "PBMCs", ",", "even", "in", "the", "presence", "of", "KL-2", ",", "in", "contrast", "to", "our", "cell", "line", "data",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "finding", "could", "reflect", "stochastic", "differences", "driven", "by", "variations", "in", "patient", "characteristics", ",", "integration", "site", ",", "chromatin", "state", ",", "transcription", "factor", "availability", ",", "etc", ".", "[" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "13", "]", "." ]	[ "O", "O", "O" ]
[ "Future", "work", "will", "compare", "P-TEFb", "release", "from", "SECs", "to", "release", "from", "other", "cellular", "reservoirs", ",", "such", "as", "BRD4", "or", "the", "7SK", "RNP", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Recent", "studies", "have", "shown", "that", "post-translational", "modifications", "of", "P-TEFb", ",", "most", "notably", "phosphorylation", "of", "CDK9", "Serine", "175", "and", "Threonine", "186", ",", "can", "drive", "inclusion", "into", "different", "comple...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Therefore", ",", "it", "is", "possible", "that", "disruption", "of", "complexes", "housing", "‘", "active", "’", "P-TEFb", "is", "a", "more", "direct", "route", "to", "redirecting", "P-TEFb", "activity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "is", "not", "to", "say", "that", "the", "SEC", "is", "never", "required", "for", "viral", "transcription", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "latency", "model", "cell", "lines", "that", "lacked", "a", "functional", "Tat", "(", "U1", "cells", ")", "or", "TAR", "stem", "loop", "(", "ACH-2", "cells", ")", ",", "KL-2", "inhibited", "the", "reactivation", "potential", "of", "several", "LRAs", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "We", "attempted", "to", "test", "this", "by", "inhibiting", "Tat", "in", "the", "J-Lat", "5A8", "model", "cell", "line", "using", "two", "previously", "described", "Tat-dependent", "transcription", "inhibitors", ",", "Triptolide", "and", "Spironolactone", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "While", "both", "compounds", "reduced", "LRA", "efficacy", ",", "KL-2", "still", "boosted", "the", "activity", "of", "JQ1", "and", "PMA", ",", "but", "not", "AZD5582", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "suggests", "that", "P-TEFb", "can", "be", "recruited", "to", "proviral", "integration", "sites", "in", "a", "Tat", "and", "SEC-independent", "manner", "upon", "PMA", "or", "JQ1", "treatment", ",", "potentially", "through", "a", "transcription", "factor"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "This", "is", "consistent", "with", "the", "complete", "lack", "of", "activity", "of", "AZD5582", "in", "cell", "line", "models", "lacking", "functional", "Tat/TAR", "activity", "and", "may", "underlie", "the", "remarkable", "synergy", "between", "non-canonical", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Additionally", ",", "triptolide", "has", "been", "characterized", "outside", "of", "HIV-1", "transcription", "in", "its", "ability", "to", "prevent", "RNA", "Pol", "II", "reinitiation", "following", "pausing", "through", "inhibition", "of", "xeoderma", "pigmentosum...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "With", "this", "in", "mind", ",", "it", "is", "possible", "that", "compounds", "JQ1", "and", "PMA", "result", "in", "de", "novo", "recruitment", "of", "RNA", "Pol", "II", "thereby", "increasing", "transcriptional", "initiation", "whereas", "AZD5582", "may", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "further", "explore", "the", "Tat", "dependency", "of", "KL-2", ",", "we", "tried", "to", "rescue", "Tat", "function", "in", "the", "U1", "cell", "line", "using", "a", "Dox-inducible", "system", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "hypothesized", "that", "by", "providing", "Tat", ",", "the", "SEC", "would", "no", "longer", "be", "required", "for", "viral", "gene", "expression", "such", "that", "SEC", "disruption", "by", "KL-2", "would", "enhance", "reactivation", "as", "seen", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "While", "Tat", "induction", "itself", "was", "sufficient", "for", "reactivation", ",", "this", "reactivation", "was", "completely", "abolished", "by", "the", "addition", "of", "KL-2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Even", "when", "Tat", "was", "minimally", "induced", "and", "other", "LRAs", "were", "added", ",", "KL-2", "still", "inhibited", "reactivation", ",", "suggesting", "that", "additional", "factors", "—", "such", "as", "steady-state", "levels", "of", "P-TEFb", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Indeed", ",", "SEC", "disruption", "by", "KL-2", "in", "the", "original", "report", "of", "the", "inhibitor", "demonstrated", "an", "outsized", "impact", "on", "Myc-dependent", "transcription", "[", "32", "]", ",", "suggesting", "that", "additional", "factors",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Regardless", ",", "the", "dual-acting", "nature", "of", "KL-2", "in", "enhancing", "latency", "reactivation", "in", "some", "circumstances", "(", "i.e.", ",", "if", "Tat", "is", "present", ")", "and", "inhibiting", "latency", "reactivation", "in", "others", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Taken", "together", ",", "our", "results", "indicate", "that", "release", "of", "P-TEFb", "from", "cellular", "SECs", "is", "a", "novel", "mechanism", "for", "promoting", "HIV-1", "viral", "transcription", "during", "both", "active", "and", "latent", "infection...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "demonstrated", "the", "enhancement", "of", "latency", "reversal", "in", "multiple", "latent", "cell", "line", "models", "and", "in", "primary", "PBMCs", "from", "PLWH", "on", "suppressive", "ART", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "work", "demonstrates", "the", "importance", "of", "increasing", "the", "production", "or", "availability", "of", "free", "P-TEFb", "for", "recruitment", "to", "viral", "loci", "as", "a", "powerful", "strategy", "for", "bolstering", "current", "LRAs", ",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Due", "to", "the", "heterogeneity", "of", "blocks", "to", "viral", "replication", "in", "the", "latent", "reservoir", ",", "it", "is", "likely", "that", "combinatorial", "LRA", "treatments", "will", "be", "the", "best", "strategy", "for", "potent", "latency",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Further", "efforts", "are", "needed", "to", "understand", "the", "intracellular", "distribution", "of", "active", "P-TEFb", "to", "characterize", "the", "most", "critical", "reservoir", "to", "target", "to", "enhance", "transcription", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Additionally", ",", "our", "work", "demonstrates", "that", "disruption", "of", "SECs", "could", "enhance", "latency", "reversal", "or", "promote", "the", "maintenance", "of", "latency", "depending", "on", "the", "cellular", "context", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Understanding", "the", "mechanism", "that", "controls", "this", "molecular", "switch", "would", "aid", "in", "understanding", "whether", "SEC", "disruptors", "could", "be", "a", "viable", "dual-acting", "molecule", "to", "aid", "in", "finding", "a", "functional",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Methods", "Flow", "cytometry", "and", "analysis", "of", "viability/infection/reactivation", "data", "Flow", "cytometry", "analysis", "was", "performed", "on", "an", "Attune", "NxT", "acoustic", "focusing", "cytometer", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ")", ",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Data", "were", "exported", "as", "FCS3.0", "files", "using", "Attune", "NxT", "Software", "v3.2.0", "and", "analyzed", "with", "a", "consistent", "template", "on", "FlowJo", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Briefly", ",", "cells", "were", "gated", "for", "lymphocytes", "by", "light", "scatter", "followed", "by", "doublet", "discrimination", "in", "both", "side", "and", "forward", "scatter", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Cells", "with", "equal", "fluorescence", "in", "the", "BL-1", "(", "GFP", ")", "channel", "and", "the", "VL-2", "(", "AmCyan", ")", "channel", "were", "identified", "as", "autofluorescent", "and", "excluded", "from", "the", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "consistent", "gate", "was", "then", "used", "to", "quantify", "the", "fraction", "of", "remaining", "cells", "that", "expressed", "the", "target", "of", "interest", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Analysis", "of", "hiv-specific", "rna", "transcripts", "Following", "cDNA", "synthesis", ",", "viral", "transcripts", "were", "assessed", "by", "qRT-PCR", "as", "described", "previously", "[", "13", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "HIV-1", "TAR", ",", "the", "following", "primers", "were", "used", ":", "PF", ":", "5′-GTCTCTCTGGTTAGACCAG-3′", ";", "PR", ":", "5′-TGGGTTCCCTAGYTAGCC-3′", ";", "and", "probe", ":", "5′-AGCCTGGGAGCTC-3′.", "HIV-1", "Long", "LTR", "levels", "were", "asses...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "For", "expression", "level", "normalization", ",", "β-Actin", "was", "used", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ",", "catalog", "no.", "4331182", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Notably", ",", "β-Actin", "is", "an", "RNA", "Pol", "II", "controlled", "gene", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "ensure", "that", "β-Actin", "levels", "were", "not", "being", "altered", "by", "KL-2", "induced", "SEC", "disruption", ",", "we", "compared", "β-Actin", "expression", "to", "that", "of", "the", "18S", "ribosomal", "subunit", ",", "an", "RNA", "Pol", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "No", "statistically", "significant", "changes", "were", "noted", "between", "the", "two", "housekeeping", "genes", "upon", "KL-2", "treatment", ",", "so", "β-Actin", "was", "used", "as", "the", "normalization", "gene", "for", "subsequent", "qPCR", "analyses", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "reaction", "was", "performed", "using", "TaqMan", "Fast", "Advanced", "Master", "Mix", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ",", "catalog", "no.", "4444553", ")", "according", "to", "manufacturer", "’s", "instructions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Briefly", ",", "10", "μL", "of", "reaction", "was", "mixed", "using", "5", "μL", "of", "Taqman", "Master", "Mix", ",", "0.5", "μL", "of", "20x", "primer", "probe", "mix", "(", "18", "μM", "of", "primers", "and", "5", "μM", "probe", ")", ",", "2.5"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "PCR", "cycles", "were", "as", "follows", ":", "50", "°", "C", "for", "2", "minutes", ",", "95", "°", "C", "for", "20", "seconds", ",", "followed", "by", "40", "cycles", "of", "95", "°", "C", "for", "1", "second", "and", "60", "°", "C", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Rna", "sequencing", "analysis", "Sequencing", "data", "was", "demultiplexed", "and", "trimmed", "using", "Trimmomatic", "v0.36", "to", "remove", "adapters", "and", "low-quality", "reads", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Trimmed", "reads", "were", "aligned", "to", "the", "Homo", "sapiens", "reference", "genome", "GRCh38", "and", "transcripts", "quantified", "using", "the", "Hisat2-StringTie", "pipeline", "[", "76", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Differential", "gene", "expression", "analysis", "of", "the", "quantified", "gene", "transcripts", "was", "performed", "with", "DESeq2", "v.1.42.0", "R", "package", "using", "R", "v.4.3.2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "After", "retaining", "genes", "with", "nonzero", "total", "read", "count", "and", "with", "more", "than", "10", "reads", "in", "total", "between", "all", "samples", ",", "we", "fitted", "a", "model", "that", "included", "all", "treatments", "to", "account",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "To", "define", "DEGs", ",", "we", "used", "as", "cut-offs", "an", "absolute", "log2", "fold", "change", ">", "1", "and", "a", "false", "discovery", "rate", "(", "FDR", ")", "compareCluster", "function", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "these", "analyses", "all", "genes", "whose", "gene", "symbols", "could", "be", "mapped", "to", "ENTREZ", "Ids", "using", "the", "org", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Hs.eg.db", "v.3.18.0", "Bioconductor", "annotation", "package", "were", "included", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Introduction", "The", "persistence", "of", "replication-competent", ",", "but", "transcriptionally", "inhibited", "HIV-1", "proviral", "DNA", "in", "long-lived", ",", "latent", "cellular", "reservoirs", "is", "a", "significant", "barrier", "to", "the", "development",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Multifaceted", "and", "heterogenous", "blocks", "to", "viral", "gene", "expression", "establish", "and", "maintain", "HIV-1", "latency", "at", "the", "epigenetic", ",", "transcriptional", ",", "and", "post-transcriptional", "levels", "[", "2", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Several", "strategies", "to", "either", "reactivate", "latent", "proviruses", "and", "clear", "infected", "cells", "(", "i.e.", ",", "“", "shock", "and", "kill", "”", ")", "or", "reinforce", "latency", "to", "prevent", "spontaneous", "reactivation", "(", "i.e...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "While", "many", "small", "molecule", "latency", "reversing", "agents", "(", "LRAs", ")", "have", "been", "described", "that", "reactivate", "latent", "proviruses", "ex", "vivo", ",", "they", "have", "had", "little", "success", "in", "clinical", "trials", "[",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "failure", "is", "partly", "due", "to", "the", "latent", "reservoir", "’s", "heterogenous", "nature", ",", "such", "that", "treatment", "by", "a", "single", "agent", "that", "acts", "to", "target", "a", "specific", "block", "may", "only", "ever", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Even", "if", "transcriptional", "reactivation", "is", "achieved", ",", "it", "is", "unlikely", "this", "is", "sufficient", "to", "result", "in", "the", "clearance", "of", "these", "infected", "cells", "without", "additional", "immune", "augmentation", "such", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "...

[ "Given", "these", "limitations", ",", "much", "research", "is", "now", "focused", "on", "combinatorial", "approaches", "to", "trigger", "more", "widespread", "and", "robust", "reactivation", "[", "11", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "example", ",", "a", "recent", "study", "reported", "synergistic", "reactivation", "potential", "between", "an", "activator", "of", "non-canonical", "NF-kB", "signaling", "(", "AZD5582", ")", "and", "BET", "bromodomain", "inhibitors", "that", "act", "to", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Blocks", "to", "transcriptional", "elongation", "are", "major", "contributors", "to", "establishing", "and", "maintaining", "HIV-1", "latency", "[", "13,14", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "After", "integration", "of", "the", "proviral", "DNA", ",", "RNA", "Polymerase", "II", "(", "RNA", "Pol", "II", ")", "is", "recruited", "to", "the", "transcription", "start", "site", "by", "transcription", "factors", "that", "bind", "cis-elements", "in", "t...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "After", "transcriptional", "initiation", ",", "RNA", "Pol", "II", "synthesizes", "20–60", "nucleotides", "before", "stalling", "through", "a", "well-conserved", "process", "known", "as", "promoter-proximal", "pausing", "[", "15", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Pausing", "is", "enforced", "by", "several", "negative", "elongation", "factors", ",", "including", "negative", "elongation", "factor", "(", "NELF", ")", ",", "DRB", "Sensitivity", "Inducing", "Factor", "(", "DSIF", ")", ",", "and", "the", "RNA", "Polymerase"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Pause", "release", "is", "regulated", "by", "positive", "transcription", "elongation", "factor-b", "(", "P-TEFb", ")", ",", "a", "heterodimeric", "protein", "complex", "composed", "of", "cyclin-dependent", "kinase", "9", "(", "CDK9", ")", "and", "cyclin", "T1",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "P-TEFb", "phosphorylates", "the", "C-terminal", "tail", "of", "RNA", "Pol", "II", "and", "several", "negative", "elongation", "factors", ",", "which", "collectively", "license", "transcriptional", "elongation", "[", "22–24", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Recruitment", "of", "P-TEFb", "to", "sites", "of", "nascent", "transcription", "is", "a", "highly", "regulated", "process", "mediated", "by", "several", "cellular", "complexes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "majority", "of", "cellular", "P-TEFb", "is", "sequestered", "in", "an", "inactive", "state", "by", "the", "7SK", "ribonucleoprotein", "(", "RNP", ")", "complex", "[", "25,26", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Diverse", "extracellular", "stimuli", "and", "intracellular", "signals", "can", "induce", "the", "release", "of", "P-TEFb", "from", "the", "7SK", "complex", "[", "27–29", "]", "where", "it", "can", "be", "recruited", "to", "sites", "of", "nascent", "transcrip...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "To", "circumvent", "this", "regulatory", "step", ",", "HIV-1", "encodes", "a", "trans-activator", "protein", "(", "Tat", ")", "that", "binds", "to", "and", "recruits", "P-TEFb", "specifically", "to", "sites", "of", "nascent", "proviral", "transcription", "throu...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "The", "distribution", "of", "and", "competition", "for", "P-TEFb", "binding", "among", "different", "complexes", "is", "an", "area", "of", "active", "investigation", ",", "with", "several", "strategies", "to", "enhance", "the", "biogenesis", "or", "availability",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "example", ",", "BET", "bromodomain", "inhibitors", "(", "such", "as", "JQ1", ")", "have", "been", "shown", "to", "be", "potent", "LRAs", "in", "ex", "vivo", "models", "by", "releasing", "P-TEFb", "from", "BRD4", "[", "12", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Likewise", ",", "the", "release", "of", "P-TEFb", "from", "the", "7SK", "RNP", "complex", "has", "been", "shown", "to", "reactivate", "latent", "proviruses", "in", "ex", "vivo", "models", "[", "39", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "That", "being", "said", ",", "the", "release", "of", "P-TEFb", "from", "the", "7SK", "RNP", "complex", "has", "been", "shown", "to", "directly", "correlate", "with", "increased", "BRD4", "binding", ",", "suggesting", "that", "release", "from", "any", "one",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Furthermore", ",", "post-translational", "modification", "of", "P-TEFb", "(", "i.e.", ",", "through", "phosphorylation", "of", "CDK9", "at", "Serine", "175", ")", "has", "been", "shown", "to", "influence", "P-TEFb", "distribution", "in", "certain", "regulatory", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "While", "the", "release", "of", "P-TEFb", "from", "the", "7SK", "RNP", "complex", "and", "BET", "proteins", "such", "as", "BRD4", "have", "been", "explored", "as", "strategies", "for", "HIV-1", "latency", "reversal", ",", "the", "release", "of", "P-TEFb", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Previous", "work", "has", "demonstrated", "that", "HIV-1", "Tat", "biochemically", "co-purifies", "with", "several", "SEC", "proteins", "[", "41,42", "]", ",", "though", "the", "reason", "for", "this", "is", "unclear", "as", "they", "seemingly", "have", "func...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "this", "study", ",", "we", "test", "the", "hypothesis", "that", "the", "SEC", "is", "not", "necessary", "for", "HIV-1", "viral", "transcription", "and", "that", "the", "release", "of", "P-TEFb", "from", "cellular", "SEC", "complexes", "can", "serve", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Results", "Discussion", "In", "this", "study", ",", "we", "demonstrate", "a", "potential", "new", "strategy", "for", "enhancing", "HIV-1", "latency", "reversal", "through", "the", "release", "of", "P-TEFb", "from", "the", "cellular", "pool", "of", "SECs", "."...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "show", "that", "KL-2", ",", "a", "small", "molecule", "inhibitor", "of", "the", "interaction", "between", "the", "SEC", "and", "P-TEFb", ",", "is", "sufficient", "to", "enhance", "viral", "transcription", "in", "primary", "CD4", "+", "T", "cells", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Finally", ",", "we", "demonstrate", "that", "KL-2", "can", "increase", "HIV-1", "gag", "expression", "in", "PBMCs", "from", "PLWH", "on", "suppressive", "ART", ",", "most", "notably", "in", "combination", "with", "the", "non-canonical", "NF-kB", "agonist", ",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "propose", "a", "model", "in", "which", "KL-2", "release", "of", "P-TEFb", "from", "the", "cellular", "pool", "of", "SECs", "enhances", "transcriptional", "elongation", "of", "integrated", "proviruses", ",", "akin", "to", "BET", "bromodomain", "inhibitors"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "results", "have", "several", "implications", "for", "our", "understanding", "of", "viral", "transcription", "and", "future", "directions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Latency", "reversal", "through", "the", "release", "of", "P-TEFb", "from", "cellular", "SECs", "had", "not", "been", "previously", "explored", ",", "likely", "due", "to", "the", "perceived", "dependency", "of", "viral", "transcription", "on", "the", "SEC", "....

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "effect", "has", "been", "supported", "by", "biochemical", "purifications", "of", "HIV-1", "Tat", "from", "human", "cell", "lines", "that", "revealed", "interactions", "with", "a", "larger", "SEC", "[", "41,42", "]", ",", "as", "well", "as", "by", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "However", ",", "given", "that", "both", "the", "SEC", "and", "Tat", "recruit", "P-TEFb", "to", "sites", "of", "nascent", "transcription", ",", "they", "share", "some", "functional", "redundancy", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "found", "that", "knock-out", "of", "SEC", "components", "from", "activated", ",", "primary", "CD4", "+", "T", "cells", "from", "12", "independent", "donors", "did", "not", "inhibit", "viral", "replication", ",", "suggesting", "that", "the", "SEC", "is...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "result", "was", "independently", "verified", "using", "KL-2", ",", "which", "inhibits", "the", "interaction", "between", "CCNT1", "(", "P-TEFb", ")", "and", "AFF1/4", "(", "of", "the", "larger", "SEC", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Notably", ",", "disruption", "of", "the", "SEC", "using", "KL-2", "resulted", "in", "significant", "increases", "in", "HIV-1", "replication", "in", "primary", "CD4", "+", "T", "cells", "whereas", "genetic", "knockout", "of", "most", "SEC", "members", "had", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "One", "potential", "explanation", "for", "this", "difference", "is", "that", "genetic", "knockout", "results", "in", "the", "ablation", "of", "SEC", "assembly", "and", "relocalization", "of", "P-TEFb", "into", "other", "complexes", "at", "steady-state", "whereas"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Understanding", "the", "dynamics", "of", "P-TEFb", "distribution", "and", "relocalization", "upon", "different", "types", "of", "perturbation", "is", "an", "ongoing", "area", "of", "investigation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "While", "we", "expected", "KL-2", "to", "enhance", "the", "transcriptional", "elongation", "of", "integrated", "proviruses", "due", "to", "the", "release", "of", "P-TEFb", "from", "cellular", "SECs", ",", "we", "also", "saw", "increases", "in", "transcriptional...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Likewise", ",", "in", "J-Lat", "5A8", "cells", ",", "we", "saw", "increases", "in", "transcriptional", "elongation", ",", "transcriptional", "initiation", ",", "and", "in", "RNA", "Pol", "II", "recruitment", "to", "the", "proviral", "promoter", "when", "KL-2"...

[ "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...

[ "This", "finding", "suggests", "that", "either", "KL-2", "has", "secondary", "effects", "not", "mediated", "by", "P-TEFb", "or", "that", "the", "redistribution", "of", "P-TEFb", "away", "from", "SECs", "has", "secondary", "effects", "that", "could", "impact", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "BET", "bromodomain", "inhibitors", "have", "also", "been", "reported", "to", "increase", "HIV-1", "transcriptional", "initiation", "[", "12,13", "]", ",", "though", "these", "effects", "have", "been", "suggested", "to", "occur", "through", "modulation", "of", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Other", "reports", "have", "indicated", "that", "P-TEFb", "mediated", "release", "of", "paused", "RNA", "Pol", "II", "can", "result", "in", "enhanced", "transcriptional", "initiation", "and", "even", "RNA", "Pol", "II", "recruitment", "simply", "by", "increasin...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Still", ",", "this", "connection", "between", "transcriptional", "elongation", "and", "initiation", "has", "yet", "to", "be", "fully", "understood", "in", "the", "context", "of", "HIV-1", "transcription", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "While", "KL-2", "was", "sufficient", "to", "boost", "viral", "replication", "in", "activated", ",", "primary", "CD4", "+", "T", "cells", ",", "in", "and", "of", "itself", "it", "displayed", "minimal", "reactivation", "potential", "in", "both", "cell", "line...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "finding", "is", "similar", "to", "our", "recent", "report", "of", "a", "novel", "inhibitor", "of", "the", "PAF1", "complex", "(", "iPAF1C", ")", "that", "had", "minimal", "activity", "on", "its", "own", ",", "but", "greatly", "enhanced", "the", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Both", "cases", "highlight", "the", "multifaceted", "nature", "of", "the", "blocks", "to", "viral", "gene", "expression", "that", "underlie", "the", "latent", "state", "as", "well", "as", "the", "limitations", "to", "single", "agent", "drug", "screening", "to...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Combinatorial", "approaches", "to", "dissect", "the", "genetic", "underpinnings", "of", "HIV-1", "latency", "and", "discover", "new", ",", "synergistic", "drug", "interactions", "should", "be", "prioritized", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "While", "KL-2", "alone", "failed", "to", "significantly", "increase", "HIV-1", "gag", "transcript", "levels", "in", "patient", "PBMCs", ",", "in", "combination", "with", "AZD5582", "it", "resulted", "in", "a", "16-fold", "increase", "over", "AZD5582", "treatmen...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Crosswise", "dose", "titrations", "in", "J-Lat", "5A8", "cells", "showed", "a", "strong", "synergistic", "potential", "between", "AZD5582", "and", "KL-2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "is", "consistent", "with", "reports", "of", "robust", "synergy", "between", "AZD5582", "and", "P-TEFb", "release", "through", "BET", "bromodomain", "inhibition", "[", "12", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Notably", ",", "the", "BET", "bromodomain", "inhibitor", "JQ1", "showed", "minimal", "reactivation", "activity", "in", "our", "patient", "PBMCs", ",", "even", "in", "the", "presence", "of", "KL-2", ",", "in", "contrast", "to", "our", "cell", "line", "data",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "finding", "could", "reflect", "stochastic", "differences", "driven", "by", "variations", "in", "patient", "characteristics", ",", "integration", "site", ",", "chromatin", "state", ",", "transcription", "factor", "availability", ",", "etc", ".", "[" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "13", "]", "." ]

[ "O", "O", "O" ]

[ "Future", "work", "will", "compare", "P-TEFb", "release", "from", "SECs", "to", "release", "from", "other", "cellular", "reservoirs", ",", "such", "as", "BRD4", "or", "the", "7SK", "RNP", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Recent", "studies", "have", "shown", "that", "post-translational", "modifications", "of", "P-TEFb", ",", "most", "notably", "phosphorylation", "of", "CDK9", "Serine", "175", "and", "Threonine", "186", ",", "can", "drive", "inclusion", "into", "different", "comple...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Therefore", ",", "it", "is", "possible", "that", "disruption", "of", "complexes", "housing", "‘", "active", "’", "P-TEFb", "is", "a", "more", "direct", "route", "to", "redirecting", "P-TEFb", "activity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "is", "not", "to", "say", "that", "the", "SEC", "is", "never", "required", "for", "viral", "transcription", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "latency", "model", "cell", "lines", "that", "lacked", "a", "functional", "Tat", "(", "U1", "cells", ")", "or", "TAR", "stem", "loop", "(", "ACH-2", "cells", ")", ",", "KL-2", "inhibited", "the", "reactivation", "potential", "of", "several", "LRAs", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "We", "attempted", "to", "test", "this", "by", "inhibiting", "Tat", "in", "the", "J-Lat", "5A8", "model", "cell", "line", "using", "two", "previously", "described", "Tat-dependent", "transcription", "inhibitors", ",", "Triptolide", "and", "Spironolactone", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "While", "both", "compounds", "reduced", "LRA", "efficacy", ",", "KL-2", "still", "boosted", "the", "activity", "of", "JQ1", "and", "PMA", ",", "but", "not", "AZD5582", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "suggests", "that", "P-TEFb", "can", "be", "recruited", "to", "proviral", "integration", "sites", "in", "a", "Tat", "and", "SEC-independent", "manner", "upon", "PMA", "or", "JQ1", "treatment", ",", "potentially", "through", "a", "transcription", "factor"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "This", "is", "consistent", "with", "the", "complete", "lack", "of", "activity", "of", "AZD5582", "in", "cell", "line", "models", "lacking", "functional", "Tat/TAR", "activity", "and", "may", "underlie", "the", "remarkable", "synergy", "between", "non-canonical", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Additionally", ",", "triptolide", "has", "been", "characterized", "outside", "of", "HIV-1", "transcription", "in", "its", "ability", "to", "prevent", "RNA", "Pol", "II", "reinitiation", "following", "pausing", "through", "inhibition", "of", "xeoderma", "pigmentosum...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "With", "this", "in", "mind", ",", "it", "is", "possible", "that", "compounds", "JQ1", "and", "PMA", "result", "in", "de", "novo", "recruitment", "of", "RNA", "Pol", "II", "thereby", "increasing", "transcriptional", "initiation", "whereas", "AZD5582", "may", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "further", "explore", "the", "Tat", "dependency", "of", "KL-2", ",", "we", "tried", "to", "rescue", "Tat", "function", "in", "the", "U1", "cell", "line", "using", "a", "Dox-inducible", "system", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "hypothesized", "that", "by", "providing", "Tat", ",", "the", "SEC", "would", "no", "longer", "be", "required", "for", "viral", "gene", "expression", "such", "that", "SEC", "disruption", "by", "KL-2", "would", "enhance", "reactivation", "as", "seen", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "While", "Tat", "induction", "itself", "was", "sufficient", "for", "reactivation", ",", "this", "reactivation", "was", "completely", "abolished", "by", "the", "addition", "of", "KL-2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Even", "when", "Tat", "was", "minimally", "induced", "and", "other", "LRAs", "were", "added", ",", "KL-2", "still", "inhibited", "reactivation", ",", "suggesting", "that", "additional", "factors", "—", "such", "as", "steady-state", "levels", "of", "P-TEFb", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Indeed", ",", "SEC", "disruption", "by", "KL-2", "in", "the", "original", "report", "of", "the", "inhibitor", "demonstrated", "an", "outsized", "impact", "on", "Myc-dependent", "transcription", "[", "32", "]", ",", "suggesting", "that", "additional", "factors",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Regardless", ",", "the", "dual-acting", "nature", "of", "KL-2", "in", "enhancing", "latency", "reactivation", "in", "some", "circumstances", "(", "i.e.", ",", "if", "Tat", "is", "present", ")", "and", "inhibiting", "latency", "reactivation", "in", "others", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Taken", "together", ",", "our", "results", "indicate", "that", "release", "of", "P-TEFb", "from", "cellular", "SECs", "is", "a", "novel", "mechanism", "for", "promoting", "HIV-1", "viral", "transcription", "during", "both", "active", "and", "latent", "infection...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "demonstrated", "the", "enhancement", "of", "latency", "reversal", "in", "multiple", "latent", "cell", "line", "models", "and", "in", "primary", "PBMCs", "from", "PLWH", "on", "suppressive", "ART", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "work", "demonstrates", "the", "importance", "of", "increasing", "the", "production", "or", "availability", "of", "free", "P-TEFb", "for", "recruitment", "to", "viral", "loci", "as", "a", "powerful", "strategy", "for", "bolstering", "current", "LRAs", ",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Due", "to", "the", "heterogeneity", "of", "blocks", "to", "viral", "replication", "in", "the", "latent", "reservoir", ",", "it", "is", "likely", "that", "combinatorial", "LRA", "treatments", "will", "be", "the", "best", "strategy", "for", "potent", "latency",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Further", "efforts", "are", "needed", "to", "understand", "the", "intracellular", "distribution", "of", "active", "P-TEFb", "to", "characterize", "the", "most", "critical", "reservoir", "to", "target", "to", "enhance", "transcription", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Additionally", ",", "our", "work", "demonstrates", "that", "disruption", "of", "SECs", "could", "enhance", "latency", "reversal", "or", "promote", "the", "maintenance", "of", "latency", "depending", "on", "the", "cellular", "context", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Understanding", "the", "mechanism", "that", "controls", "this", "molecular", "switch", "would", "aid", "in", "understanding", "whether", "SEC", "disruptors", "could", "be", "a", "viable", "dual-acting", "molecule", "to", "aid", "in", "finding", "a", "functional",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Methods", "Flow", "cytometry", "and", "analysis", "of", "viability/infection/reactivation", "data", "Flow", "cytometry", "analysis", "was", "performed", "on", "an", "Attune", "NxT", "acoustic", "focusing", "cytometer", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ")", ",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Data", "were", "exported", "as", "FCS3.0", "files", "using", "Attune", "NxT", "Software", "v3.2.0", "and", "analyzed", "with", "a", "consistent", "template", "on", "FlowJo", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Briefly", ",", "cells", "were", "gated", "for", "lymphocytes", "by", "light", "scatter", "followed", "by", "doublet", "discrimination", "in", "both", "side", "and", "forward", "scatter", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Cells", "with", "equal", "fluorescence", "in", "the", "BL-1", "(", "GFP", ")", "channel", "and", "the", "VL-2", "(", "AmCyan", ")", "channel", "were", "identified", "as", "autofluorescent", "and", "excluded", "from", "the", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "consistent", "gate", "was", "then", "used", "to", "quantify", "the", "fraction", "of", "remaining", "cells", "that", "expressed", "the", "target", "of", "interest", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Analysis", "of", "hiv-specific", "rna", "transcripts", "Following", "cDNA", "synthesis", ",", "viral", "transcripts", "were", "assessed", "by", "qRT-PCR", "as", "described", "previously", "[", "13", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "HIV-1", "TAR", ",", "the", "following", "primers", "were", "used", ":", "PF", ":", "5′-GTCTCTCTGGTTAGACCAG-3′", ";", "PR", ":", "5′-TGGGTTCCCTAGYTAGCC-3′", ";", "and", "probe", ":", "5′-AGCCTGGGAGCTC-3′.", "HIV-1", "Long", "LTR", "levels", "were", "asses...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "For", "expression", "level", "normalization", ",", "β-Actin", "was", "used", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ",", "catalog", "no.", "4331182", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Notably", ",", "β-Actin", "is", "an", "RNA", "Pol", "II", "controlled", "gene", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "ensure", "that", "β-Actin", "levels", "were", "not", "being", "altered", "by", "KL-2", "induced", "SEC", "disruption", ",", "we", "compared", "β-Actin", "expression", "to", "that", "of", "the", "18S", "ribosomal", "subunit", ",", "an", "RNA", "Pol", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "No", "statistically", "significant", "changes", "were", "noted", "between", "the", "two", "housekeeping", "genes", "upon", "KL-2", "treatment", ",", "so", "β-Actin", "was", "used", "as", "the", "normalization", "gene", "for", "subsequent", "qPCR", "analyses", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "reaction", "was", "performed", "using", "TaqMan", "Fast", "Advanced", "Master", "Mix", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ",", "catalog", "no.", "4444553", ")", "according", "to", "manufacturer", "’s", "instructions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Briefly", ",", "10", "μL", "of", "reaction", "was", "mixed", "using", "5", "μL", "of", "Taqman", "Master", "Mix", ",", "0.5", "μL", "of", "20x", "primer", "probe", "mix", "(", "18", "μM", "of", "primers", "and", "5", "μM", "probe", ")", ",", "2.5"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "PCR", "cycles", "were", "as", "follows", ":", "50", "°", "C", "for", "2", "minutes", ",", "95", "°", "C", "for", "20", "seconds", ",", "followed", "by", "40", "cycles", "of", "95", "°", "C", "for", "1", "second", "and", "60", "°", "C", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Rna", "sequencing", "analysis", "Sequencing", "data", "was", "demultiplexed", "and", "trimmed", "using", "Trimmomatic", "v0.36", "to", "remove", "adapters", "and", "low-quality", "reads", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Trimmed", "reads", "were", "aligned", "to", "the", "Homo", "sapiens", "reference", "genome", "GRCh38", "and", "transcripts", "quantified", "using", "the", "Hisat2-StringTie", "pipeline", "[", "76", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Differential", "gene", "expression", "analysis", "of", "the", "quantified", "gene", "transcripts", "was", "performed", "with", "DESeq2", "v.1.42.0", "R", "package", "using", "R", "v.4.3.2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "After", "retaining", "genes", "with", "nonzero", "total", "read", "count", "and", "with", "more", "than", "10", "reads", "in", "total", "between", "all", "samples", ",", "we", "fitted", "a", "model", "that", "included", "all", "treatments", "to", "account",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "To", "define", "DEGs", ",", "we", "used", "as", "cut-offs", "an", "absolute", "log2", "fold", "change", ">", "1", "and", "a", "false", "discovery", "rate", "(", "FDR", ")", "compareCluster", "function", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "these", "analyses", "all", "genes", "whose", "gene", "symbols", "could", "be", "mapped", "to", "ENTREZ", "Ids", "using", "the", "org", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Hs.eg.db", "v.3.18.0", "Bioconductor", "annotation", "package", "were", "included", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Datasets:

OTAR3088
/

CeLLaTe-V2-all

Collection including OTAR3088/CeLLaTe-V2-all

CeLLaTE Datasets